X-Men 3 quase seguiu por um caminho diferente em sua trama, já que originalmente, Matthew Vaughn (X-Men: Primeira Classe) assumiria a direção, conta roteirista.
O cineasta que chegou há discutir sobre o blockbuster, foi substituído por Brett Ratner, e em entrevista ao Polygon, o escritor Simon Kinberg revela detalhes de como foi trabalhar com o diretor.
“Quando comecei a trabalhar em O Confronto Final, Matthew era o responsável. Ele se afastou do que o diretor dos dois primeiros filmes, Bryan Singer, quis estabelecer. […] embora não estivéssemos criando um novo universo, porque Bryan obviamente tinha feito um trabalho incrível com a base disso, estávamos estabelecendo um novo tom dentro desta franquia, com novas regras. Mais tarde você viu um pouco disso em seu filme dos Mutantes.”
Finalizando a primeira trilogia da equipe de heróis, o longa de 2006 põe os personagens diante de uma cura mutante, cabendo a eles o poder da escolha, e consequentemente, iniciando uma Guerra entre Magneto e a Fênix Negra, contra os X-Men.
